Voor hun tweede EP keerde Muse in 1998 terug naar Sawmills Studios en producer Paul Reeve. Muscle Museum verscheen oorspronkelijk op 11 januari 1999 via Dangerous Records, opnieuw in 999 handgenummerde exemplaren. De zes nummers, waaronder 'Muscle Museum', 'Sober', 'Uno' en 'Unintended', vangen de band vlak voor de doorbraak: gitaarrock met een Spaans aandoend gitaarfiguur en dramatische zang. Vier ervan werden opnieuw opgenomen voor het debuutalbum Showbiz, en 'Instant Messenger' verscheen later als B-kant onder de titel 'Pink Ego Box'. De EP kwam binnen op de derde plaats van de NME Indie Singles Chart en leverde Muse hun eerste landelijke aandacht op, mede doordat Steve Lamacq er nummers van draaide op BBC Radio 1.

Deze uitgave is een 12-inch op doorschijnend turquoise vinyl, geperst voor Record Store Day.