Supernatural, oorspronkelijk verschenen in 1999, bracht Santana terug in de hitlijsten. Het idee kwam van Clive Davis: laat de band nummers maken samen met jongere gastartiesten. Smooth, gezongen door Rob Thomas, stond twaalf weken op nummer 1 in de Verenigde Staten en Maria Maria met The Product G&B volgde. Verder zijn onder anderen Everlast, Lauryn Hill, Dave Matthews en Eric Clapton te horen, terwijl (Da Le) Yaleo en El Farol dichter bij het oudere werk blijven. Het album won in 2000 de Grammy voor Album of the Year. Deze uitgave is een 2-lp.